L’école Paul Le Flem est une association gérée par un conseil d'administration bénévole, responsable d'une équipe de salariés. Le rôle du conseil d’administration est d’assurer le bon fonctionnement de l’école avec l’ensemble des salariés dans un cadre associatif.

Par le vote en assemblée générale, les membres sont les représentants élus des adhérents.

De nouveaux membres du Conseil d’administration ont été élus à la dernière assemblée générale qui s’est tenue le samedi 9 janvier 2024. Les élus ont un mandat de 3 ans.